Synagoga je v Habrech doložena k roku 1648, můžeme však předpokládat i starší existenci. Stála na jiném dosud ne zcela přesně doloženém místě na jih od centra města, kde se nacházelo v novověku větší židovské osídlení (kolem dnešní ulice Brodská). Tato synagoga v roce 1688 vyhořela, hned následujícího roku však byla na témže místě znovu vystavena. V letech 1821–1823 byla tato stará synagoga zbořena kvůli svému havarijnímu stavu ohrožujícímu bezpečnost věřících i okolí a místo ní byla nová budova, která si svůj charakter dochovala až do dnešních dnů. Před 2. světovou válkou přenechala haberská židovská obec synagogu evangelické církvi. V roce 1967 bylo rozhodnuto o její přestavbě na kino. Po roce 1989 připadla synagoga v restituci Židovské obci v Praze, která ji roku 2023 darovala spolku Habry z. s.
Spolek Habry z. s.